重大案件的侦查和管理部门如下：
公安机关
一般案件和重大案件由案发地、县、市公安局负责侦查。
特别重大的案件可以由案发地公安厅督促指导或直接组织侦查。
涉及几个省、自治区、直辖市的特别重大案件，由公安部组织侦查，或者指定一个省、自治区、直辖市公安机关为主组织联合侦查。
人民检察院
特别重大的案件由立案的检察院逐级报最高人民检察院备案。
涉及几个省、自治区、直辖市的特别重大案件，必要时由最高人民检察院进行检查指导，组织协调侦查，或参与案件的侦查、起诉工作。
最高人民检察院立案侦查全国性的重大犯罪案件。
省、自治区、直辖市人民检察院立案侦查全省（自治区、直辖市）性的重大犯罪案件。
地、州、市人民检察院立案侦查本辖区的重大犯罪案件。
基层人民检察院立案侦查本辖区的犯罪案件。
人民法院
重大刑事案件应由哪级法院审理：
省内的重大刑事案件，由高级人民法院审理。
全国的重大刑事案件，由最高人民法院审理。
各级法院审理的刑事案件包括：
基层人民法院管辖普通刑事案件。
中级人民法院管辖的第一审刑事案件包括危害国家安全、恐怖活动的；可能判处无期徒刑、死刑的案件。
高级人民法院管辖的是全省性的重大刑事案件。
最高人民法院是全国性的重大刑事案件。
总结：
公安机关负责一般和重大案件的侦查，特别重大的案件由公安厅或公安部直接组织侦查。
人民检察院负责特别重大案件的备案和必要时参与侦查，以及各级重大案件的立案侦查。
人民法院负责重大刑事案件的审理，分为高级人民法院、最高人民法院及各级中级人民法院。
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