贪污款项的处理方式主要依据《中华人民共和国刑法》及相关法律法规，具体处理如下：
追缴或责令退赔
贪污所得的款项应依法追缴或责令退赔，以补偿国家经济损失。
违禁品和犯罪用具也应予以没收，上缴国库。
刑事处罚
根据贪污数额的大小和其他情节的严重程度，可判处不同年限的有期徒刑、无期徒刑，并处罚金或没收财产。
对于数额特别巨大，造成国家和人民利益特别重大损失的，可判处无期徒刑或死刑，并处没收财产。
其他处理方式
对于贪污数额较小或情节较轻的，可以责令限期归还、内部检讨、内部通报等，并可不作纪律处分。
贪污数额达到一定金额或有其他较重情节的，可移送检察机关立案侦查，依法提起公诉。
赃款赃物的处理
公安机关、人民检察院和人民法院对查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或自行处理。
对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或不宜长期保存的物品，应依照国家有关规定处理。对作为证据使用的实物应当随案移送，对不宜移送的，应当将其清单、照片或其他证明文件随案移送。
人民法院作出的判决生效后，有关机关应根据判决对查封、扣押、冻结的财物及其孳息进行处理。除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。
综上所述，贪污款项的处理方式包括追缴或责令退赔、刑事处罚、其他处理方式以及赃款赃物的处理。具体处理方式依据贪污数额的大小、情节的严重程度以及相关法律法规进行裁定。
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