员工的考勤记录保存时间主要依据《中华人民共和国劳动法》和相关的地方性规定。根据这些规定，员工的考勤记录至少应当保存 两年以上备查。
具体而言，《中华人民共和国劳动法》第三十六条和第三十七条虽然规定了劳动者的工作时间和休息休假制度，但并未直接涉及考勤记录的保存时间。然而，一些地方性的法规和行政规章对此有更为详细的规定。例如，江苏省规定用人单位必须妥善保管劳动考勤记录，且存放时长不得低于两年。
此外，虽然《劳动合同法》中提到了保存员工相关资料两年即可，但对于离职员工的考勤和档案，单位至少得保存两年以上，以备查证。
综合以上信息，可以得出结论：员工的考勤记录至少应当保存两年，这一规定得到了《工资支付暂行规定》和地方性法规的支持。为了确保合规性，企业应当遵循这些规定，妥善保存员工的考勤记录。
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